आर्यन खान ड्रग्स प्रकरण एनसीबी विभागीय संचालक समीर वानखेडे आणि त्यांच्या टीमने ज्या पद्धतीने हाताळले, त्याची केंद्रीय गृहमंत्रालयाने अर्थात मंत्री अमित शाह यांनी नाराजी व्यक्त करत अतिशय गंभीर दखल घेतली आहे. या प्रकरणातील महत्त्वाच्या माहितीबाबत एनसीबीच्या मुख्यालयालाही अंधारात ठेवल्याचे समाेर आल्याचे सूत्रांनी गाेपनीयतेच्या अटीवर सांगितले आहे.
भाजपचे काही नेते तीन दिवसीय परिषदेसाठी दिल्लीत हाेते. त्यावेळी शहा राज्यातील भाजपच्या काही नेत्यांशी चर्चाही केली. तसेच इतर सूत्रांकडूनही त्यांनी या प्रकरणाबाबत माहिती घेतली. केंद्रीय गृहमंत्रालयाने या प्रकरणावर थेट भाष्य करणे टाळले आहे. तरीही आर्यन प्रकरणाचा तपास आणि हाताळण्याच्या पद्धतीमध्ये काही चुका समाेर आल्या आहेत.
एका अधिकाऱ्याने नाव गुप्त ठेवण्याच्या अटीवर सांगितले, की नार्काेटीक्स ब्युराेच्या दैनंदिन कारभारामध्ये गृहमंत्रालय हस्तक्षेप करत नाही. मात्र, संस्थेची प्रतिमा मलिन हाेणे आणि सरकारची बदनामी हाेईल, असे कृत्य करण्याची परवानगी एका अधिकाऱ्याला दिली जाऊ शकत नाही. नार्काेटीक्स ब्युराेचे महासंचालक सत्यनारायण प्रधान यांनाही तपासामध्ये अनेक त्रुटी आढळल्या. त्यानंतर या प्रकरणाच्या तपासामध्ये वानखेडे यांना माेकळीक दिली नाही.